Další foto: Na běžkách, V mlze., Zase na běžkách.
Narodil jsem se v Praze v roce 1976. V roce 1994 jsou ukončil studium na Akademickém Gymnáziu hl. m. Prahy ve Štěpánské ulici. Na podzim roku 2000 jsem na Přírodovědecké fakultě UK na katedře genetiky a mikrobiologie obhájil diplomovou práci pod vedením Martina Pospíška. Zabýval jsem se charakterizací dsRNA viru usazeného v buňkách kvasinky Dipodascus magnusii. Některé kvasinky a další houby v sobě obsahují viry, které jim zdánlivě neškodí a zároveň jim tyto viry umožňují produkovat do okolního prostředí zvláštní bílkovinu -- toxin -- a zároveň jsou proti tomuto toxinu imunní. Tyto virem infikované kvasinky tak získaly výhodu nad těmi neinfikovanými (a k toxinu citlivými) a proto se mohou na rozdíl od ostatních rychleji množit a konkurentky vybít. Dalších znalostí v této oblasti by se dalo využít v kvasné technologii, ať již při výrobě piva nebo droždí ale také třeba i v léčbě plesnivé kůže. Jinými slovy, když v pivovaru spadne do kádě takováto kvasinka tak vybije pivařské kmeny kvasinek a sládek pak může nechat káď vylít. Po přečtení úsměvného textu Úvod do matfyzáka jsem pro pobavení začal sepisovat podobně text nazvaný Úvod do přírodovědce. Během studia biologie jsem čtyři roky spravoval některé Unixové servery na fakultě. Z té doby jsou stránky věnované Sendmailu, filtrovací skripty na filtrování pošty včetně jejího přesměrování na mobil a mnohé další. Ke sdílení souborů mezi počítači místo NFS na fakultě používáme AFS.
Po dokončení experimentální diplomky jsem se přesunul více na rozhraní biologie a počítačů, do oboru dnes nazývaného bioinformatika. 2,5 roku jsem studoval/pracoval v mnichovském centru pro výzkum proteinů (MIPS) kde jsem krmil počítače vstupními daty, resp. na nich provozovaný systém PEDANT umožňující automatickou analýzu genomových sekvencí a předpovídání přítomnosti genů a funkcí jimi kódovaných bílkovin. Později jsem pracoval na vývoji katalogu umožňujícího klasifikaci proteinů podle jejich funkce (FunCat). Mimochodem, konkurenčními projekty PEDANTu jsou například ERGO, FIG, PUMA2. Při práci s databází PEDANT jsem se hodně staral i o údržbu databázového serveru a jednotlivých, asi 150 databází. Pro zjednodušení údržby MySQL databází jsem vytvořil pár jednoduchých programů (mysql-tools). V Mnichově jsem potkal nemálo Čechů a Slováků a každý měl pochopitelně zčásti jiné zážitky. Pokud se chcete pobavit jak se žije/studuje/pracuje v německém/bavorském Mnichově čtěte dál. Kdo pobyl v zahraničí delší dobu tak ví o čem mluvím :-).
Po návratu z Německa jsem se věnoval své dizertační práci, kterou jsem po 2 letech práce na IRESite databázi ukončil v říjnu 2005. Ta umožňuje analyzovat nashromážděné experimentální výsledky, jejichž cílem je zjistit jakým způsobem buňky produkují bílkoviny a jak je tento postup regulován. V krátkosti, existuje několik modelů jak se reguluje tvorba bílkovin a nás zajímá právě jeden z nich. Především se reguluje proces zahajování tvorby každé jednotlivé bílkoviny a to proto, že tento krok vyžaduje aby se ve správný čas na správném místě a ve správném pořadí setkaly nějaké molekuly bílkovin a složily se dohromady do jedné velké, zvláštně tvarované koule (asi 100 různých bílkovin) a nebo tomu procesu napomohly. V současné době se pokračuji v práci na IRESite, vedu diplomanty a občas pracuji na vedlejších projektech. Jedním z takových vedlejších témat je anotace genomu jedné dřevokazné houby Postia placenta ve spolupráci s americkým DOE Joint Genome Institute. Zaměřil jsem se na vyhledávání a popis/anotaci genů majících roli v syntéze bílkovin (jak jinak) ;-). Více o bioinformatice hromadím zde.
Nevěnuji se ale jenom výzkumu. Rád běžkuji, věnuji se pěší turistice a pro případ potřeby nejraději rovnou se stanem v batohu, prostě vysokohorská turistika (VHT). :-) Nejkrásnější vysokohorské tůry (stále srovnatelné s tatranskou turistikou) které jsem dosud podnikl byly Elbrus [RU], Fletschhorn&Lagginhorn [CH], Weissmieshorn [CH], ale taky třeba Galenstock&Tieralplistock [CH]. Už tak nějak ze zvyku se snažím udržovat na svých stránkách maximum odkazů na relevantní informace co se týče turistiky na Kavkazu a nějak i Ruska. Pár nekonzistentních textů o turistice ve Švýcarsku vzniklo během 6-ti měsíčního pobytu v Basileji v roce 1999, kdy jsem hodně chodil po Švýcarských horách a ledovcích s členy "Berg und Ski Club Novartis, AG". Jsem vodák a jako mnohý jsem začínal na kanoi a časem jsme přešel na kajak.
S kamarádem Borkem jsme jednou byli udržovat světový mír na dobrovolném pracovním táboře v Egyptě (1997) odkud jsme si kromě úplavice přivezli nezapomenutelné zážitky (a Borek úplavici). Již hodně se let věnuji včelařství a občas jezdím rekreačně na koni. Tropím ale i jiné nesmysly: jednou jsme byli nuceni okolnostmi zimprovizovat divadelní představení a tak vznikla Trudova žena. V roce 2002 jsem vyjel o prázdninách na kurs Impuls 2002 od Prázdninové školy Lipnice, kde jsme nedělali snad ani nic jiného než samé "blbiny" ale o to více jsme se mohli poznat ... Kdo někdy jel na nějaký Lipnický kurz nebo kurz Hnutí GO tak ví o čem mluvím -- ostatní o hodně přišli. ;) Občas jedu na jednu chatu do Jeseníků kde je úplný klid, není tam elektřina, voda je z potoka/pramene, svítí se svíčkami a dá se tam občas skvěle běžkovat. Je to návrat do života před sto lety ačkoli jídlo si přinesete v batohu z hypermarketu. A na závěr nějaké fotky: vodácké a nevodácké. Pokud jste se snad o mne zatím dozvěděli málo tak tady je více.
Publikační aktivita:
Gabriel J., Mokrejš M., Bílý J., Rychlovský P. (1994) Accumulation of Heavy Metals by Some Wood-Rotting Fungi, Folia Microbiol. 39: 115-118
Pospíšek M., Zikánová B., Mokrejš M. (2001) Purification and characterization of the Dipodascus (Endomyces) magnusii toxin, Yeast 18: S334-S334 Suppl. 1
Mewes H. W., Frishman D., Guldener U., Mannhaupt G., Mayer K., Mokrejš M., Morgenstern B., Munsterkotter M., Rudd S., and Weil B. (2002) MIPS: a database for genomes and protein sequences, Nucleic Acids Res. 30: 31-34
Frishman D., Mokrejš M., Kosykh D., Karstenmuller G., Kolesov G., Zubrzycki I., Gruber C., Geier B., Kaps A., Volz A., Wagner C., Fellenberg M., Heumann K., Mewes H.-W. (2003) The Pedant genome database, Nucleic Acids Res. 31: 207-211
Crass T., Antes I, Basekow R., Bork P., Buning C., Christensen M., Claußen H., Ebeling C., Ernst P., Gailus-Durner V., Glatting K.-H., Gohla R., Gößling F., Grote K., Heidtke K., Herrmann A., O'Keeffe S., Kießlich O., Kolibal S., Korbel J. O., Lengauer T., Liebich I., van der Linden M., Luz H., Meissner K., von Mering C., Mevissen H.-T., Mewes H.-W., Michael H., Mokrejs M., Müller T., Pospisil H., Rarey M., Reich J. G., Schneider R., Schomburg D., Schulze-Kremer S., Schwarzer K., Sommer I., Springstubbe S., Suhai S., Thoppae G., Vingron M., Warfsmann J., Werner T., Wetzler D., Wingender E., Zimmer R. (2004) The Helmholtz Network for Bioinformatics: an integrative web portal for bioinformatics resources. Bioinformatics. 20: 268-270
Ruepp A., Zollner A., Maier D., Albermann K., Hani J., Mokrejš M., Tetko I., Güldener U., Mannhaupt G., Münsterkötter M., Mewes H.-W. (2004) The FunCat, a functional annotation scheme for systematic classification of proteins from whole genomes. Nucleic Acid Res. 32: 5539-5545
Mokrejš M., Vopálenský V., Kolenatý O., Mašek T., Feketová Z., Sekyrová P., Škaloudová B., Kříž V., Pospíšek M. (2006) IRESite: The database of experimentally verified IRES structures (www.iresite.org). Nucleic Acids Res. 34: D125-D130; doi:10.1093/nar/gkj081; Supplementary material
Mokrejš M., Vopálenský V., Mašek T., Pospíšek M. (2007) Title: A Bioinformatical Approach to the Analysis of Viral and Cellular Internal Ribosome Entry Sites In: Columbus F editors. New Messenger RNA Research Communications. Hauppauge, NY: Nova Science Publishers; pp. 133-166
Vopalensky, V., Masek, T., Horvath, O., Vicenova, B., Mokrejs, M. and Pospisek, M. (2008) Firefly luciferase gene contains a cryptic promoter. RNA. (in press), doi:10.1261/rna.831808
Studijní/odborné pobyty:
Duben - Září 1999 - Novartis Pharma AG, Basilej, Švýcarsko
Červen 2001 - Prosinec 2003 - MIPS - GSF, Mnichov, Německo
GPG klíč, nyní již zneplatněné PGP klíče 97 a 99. Pokud mi chcete zpřístupnit svůj UNIXovský účet přes ssh tak zde jsou moje klíče ssh1 a ssh2 :-)).
